Чтобы удалить все строки в таблице, нужно использовать команду TRUNCATE TABLE table_name. See section 6.4.7 Синтаксис оператора TRUNCATE.
Время, необходимое для удаления записи, прямо пропорционально числу индексов. Чтобы записи удалялись быстрее, можно увеличить размер индексного кэша. See section 5.5.2 Настройка параметров сервера.