В общем случае, чтобы выполнить

В общем случае, чтобы выполнить апгрейд до версии 4.1 с более ранней:

Выполните скрипт mysql_fix_privilege_tables для создания новых столбцов с паролями. Это нужно для более безопасной работы с паролями.

Далее идет более подробный список вещей, на которые следует обратить внимание при апгрейде на 4.1:

Функции, что возвращают DATE, DATETIME или TIME теперь фиксируются при отдаче клиенту.
```
mysql> SELECT cast("2001-1-1" as DATE)
-> '2001-01-01'
```
Все столбцы и таблицы теперь имеют кодировку, которая показывается в выводе SHOW CREATE TABLE и mysqldump. (MySQL 4.0.6 и выше могут читать новые dump-файлы, но не прежние версии MySQL).
Временная метка (timestamp) теперь возвращается как строка вида 'YYYY-MM-DD HH:MM:DD'. Если вы хотите получить ее как числов - вам следует добавить +0 к столбцу timestamp. Различные длины временных меток теперь не поддерживаются.