В общем случае, чтобы выполнить апгрейд до версии 4.1 с более ранней:
Далее идет более подробный список вещей, на которые следует обратить внимание при апгрейде на 4.1:
mysql> SELECT cast("2001-1-1" as DATE) -> '2001-01-01'
2.5 Апгрейд/даунгрейд MySQL | Оглавление | 2.5.2 Модернизация с версии 3.23 до версии 4.0 |